涉及序列的发明中的若干问题的研究
时间:2024-10-18  来源:

  文/北京集佳知识产权代理有限公司 赵青

 

  摘要:通过横向比较专利申请实务中的典型案例并参考《专利审查指南(2023)》相关内容来分析这类案件中的有关单一性和支持的共性和个性问题,讨论在涉及氨基酸序列或DNA 序列的发明申请中经常遇到的单一性问题和支持问题及其应对方式,总结出一些可供参考的应对方式:对于单一性问题,可以先尝试加入功能性/ 效果性限定并配合“具有总的发明构思”这样的主张,次选是保护主要的一组基础序列及其衍生物;对于支持问题,可以根据发明的具体对象的不同而灵活采用各种间接限定的方式尽量使得保护范围不会过窄。

  关键词:氨基酸序列;DNA 序列;单一性;支持

 

  以往,受限于技术手段和资金,生物医药领域的发明比重相对于其他领域的发明而言相对较少。但是近年来随着各国对生物医药持续不断的投入,涌现出越来越多的生物医药初创公司,对生物医药的研发和应用的关注越来越高。由于生物医药领域的产品开发需要大量资金和较长周期,因而尽早获得专利保护对医药公司的意义显得尤为重要。

  就目前生物医药领域的发明专利申请来看,主要涉及抗体、疫苗、酶、受体、微生物等。对于这些发明对象而言,要想表征它们的结构,基本上离不开DNA序列、氨基酸序列这样的特征。虽然《专利审查指南(2023)》(以下简称《指南》)中允许“当产品权利要求中的一个或多个技术特征无法用结构特征予以清楚地表征时,允许借助物理或化学参数表征;当无法用结构特征并且也不能用参数特征予以清楚地表征时,允许借助于方法特征表征”,但是在实际申请中,涉及以上发明主题时,想要获得专利授权,对序列的限定是必不可少的。

 

  一、存在的问题

  在使用序列作为技术特征的情况下,在其他领域中成为主要问题的新创性往往不会成为生物医药领域申请的主要问题,其原因可能是申请人经过筛选、试验,基本上能够说明本发明取得了一定效果,并且生物医药领域的预见性往往不强,所以只要序列有区别并具有一定的效果,新创性往往就能获得认可。但是,在其他领域中不会成为主要问题的形式问题往往成为生物医药领域申请的拦路虎,比如单一性问题、支持问题等。这些形式问题看似“形式”,但实际上对于申请人的权利保护、市场占有、商业利益而言,相比新创性问题,形式问题所带来的影响往往更加巨大。

  以修饰酶为例进行说明。当申请人发现具有某一效果的酶时,往往也会研究同属或相近属的生物中的相关酶的情况。如果发现这些相关酶也具有相同或相近的活性,则一并申请对于权利保护更加有效,申请成本更低,保护面也更广。但是,这些相似酶虽然具有近似的功能,序列上却往往存在差异,很难找出共同的序列作为特定技术特征,因而会被指出单一性问题。单一性问题虽然在授权后不构成无效理由,却在申请阶段是阻碍授权的一大问题。另外,当申请人发现具有某一效果的酶时,为了尽早保护,很难对所有具有活性的衍生物进行一一实验,这样一来,基于现有研究成果进行概括时往往会被指出得不到说明书支持的问题。申请人可以为了加速授权而仅针对进行了实验的序列进行保护,但是这样一来,保护范围往往过小,他人很容易以较小的序列改动而得到相似效果,进而绕过本申请,对于申请人而言则失去了保护的意义。

  鉴于这样的现实情况,笔者结合几个实际案例对上述问题进行分析,并提出一定的应对方法作为参考。

 

  二、关于单一性

  (一)案例1

  1.权利要求

  权利要求1记载了:一种修饰型α-葡萄糖苷酶,其特征在于,由α-葡萄糖苷酶的氨基酸序列中选自以下(1)~(14)中的一个或两个以上的氨基酸被其他氨基酸取代而成的氨基酸序列构成:(1)与序列号 1 所示的氨基酸序列的第385位氨基酸相当的氨基酸;……(14)与序列号1所示的氨基酸序列的第689位氨基酸相当的氨基酸。

  权利要求3记载了:根据权利要求1所述的修饰型α-葡萄糖苷酶,其中,α-葡萄糖苷酶的氨基酸序列为序列号2的氨基酸序列,(1)的氨基酸为该氨基酸序列第343位氨基酸;……(14)的氨基酸为该氨基酸序列第721位氨基酸。

  2.案情经过及分析

  审查员在第一次审查意见通知书(以下简称一通)中指出:“以上涉及序列号1和2的两组技术方案相同或相应的技术特征是α-葡萄糖苷酶。然而,参见对比文件1公开的内容,α-葡萄糖苷酶是现有技术中早已公知的。且由于涉及序列号1和2的α-葡萄糖苷酶,两种化合物结构不同。因此,两组技术方案之间没有对现有技术作出贡献的特定技术特征。因此,上述两组技术方案之间不符合专利法第三十一条第一款的规定。”

  笔者在答复中未作修改,并主张“权利要求记载的发明具有作为基准的氨基酸序列的特定位置(权利要求1所规定的(1)~(14)整体)成为突变对象这样的相应技术特征。另外,基于该技术特征,对于修饰型α-葡萄糖苷酶而言,得到了糖转移活性提高(低聚糖生成能力提高)这样的特有的效果。可见,权利要求记载的发明在结构上在作用效果上具有共同的特征。因此,申请人认为权利要求记载的技术方案之间属于一个总的发明构思,具有相同或相应的特定技术特征,因而具有单一性”。

  但是,审查员随后再次指出“第一组和第二组技术方案涉及的序列1和序列2不同,且突变位点也不同。因此,不具备共同的结构。从而,也不具备对共同功能必不可少的共同结构”。接下来,为了尽快克服该问题,笔者与申请人沟通后将权利要求1的范围限定为权利要求3的范围,即限定至序列号2这一组的技术方案,克服了单一性问题。由该案件可以发现,在针对不同序列进行多位点衍生的发明中,即使具有相似活性,也因为基础序列之间缺少特定技术特征而容易被指出单一性问题,并且,并不容易仅通过主张具有总的发明构思来获得审查员的认可。在此情形下,可以结合实际产品情况来选择一组要保护的对象。

  (二)案例2

  1.权利要求

  权利要求1记载了:一种抗体或其功能片段, 其与PGE2受体亚型EP4的胞外域结合,抑制EP4的功能。

  权利要求5记载了:根据权利要求1所述的抗体或其功能片段,其特征在于,与EP4的胞外域特异性地结合,其互补性决定区域1~3即CDR1~3的氨基酸序列满足下述(A)组、(B)组或(C)组中的任一组。

  2.案情经过及分析

  审查员在一通时指出:“由于三大组权利要求所涉及的抗体序列 mAb14、mAb21、mAb9 完全不一致,属于不同的抗EP4抗体。上述三大组权利要求之间没有相同或相应的技术特征。因此,上述三组技术方案之间不具备专利法第三十一条第一款规定的单一性。”

  本申请记载了抗体的获得工艺是由某一特定抗原引起小鼠免疫反应,获得其一系列免疫细胞后,与瘤细胞融合后获得杂交瘤,由其产生多种抗体,进入筛选,获得具有识别抗原特定表位的若干抗体。从本申请的记载来看,本申请各个抗体是由同一工艺获得的,识别位点也相同,技术上明显存在关联性,换言之具有相同的技术思想。笔者基于此,在应答中曾希望主张各个抗体具有一个总的发明构思来克服单一性问题。但是,鉴于上述案例1,认为如果只是陈述则很难被审查员认可。另外,由于实施例中这些抗体都有涉及,且申请人也不愿意仅保留一个,所以笔者希望能找到另外一种解决办法。笔者考虑如果在将能够体现本申请各个抗体共性的特征限定进去的基础上再进行陈述,会比较有说服力。因此,在应答时,尝试在权利要求1中限定为“一种抗体或其功能片段,其与PGE2受体亚型EP4的胞外域结合,且不与EP1、EP2、EP3结合,抑制PGE2受体亚型EP4的功能,所述PGE2受体亚型 EP4 的功能是使细胞内cAMP浓度上升,所述抗体为单克隆抗体”,并陈述“在包括对比文件的任何现有技术中均未记载实际制作,在本申请当时是未解决的技术特征,上述修改后的特征整体构成特定技术特征,各抗体具有总的发明构思,因而具有单一性”,最终得到审查员认可。

  由该案件可以发现,我们还可以尝试利用功能性/效果性限定的方式使功能性特征作为特定技术特征,并配合“具有总的发明构思”这样的主张,从而克服单一性问题。上述修改在实质上也使各项发明之间的共性更加突出,强化了各项发明之间的联系。

  (三)案例3

  1.权利要求

  权利要求1记载了:一种阿马多里酶,与具有序列号1、3 或37表示的氨基酸序列的阿马多里酶相比,添加表面活性剂5分钟后的残留活性提高,残留活性以%表示;该阿马多里酶具有(i)在序列号1、3或37表示的氨基酸序列中缺失、插入、添加和/或替换1个或多个氨基酸而得的氨基酸序列,且/或具有(ii)与序列号1、3或37表示的氨基酸序列具有至少70%同源性的氨基酸序列。

  权利要求3记载了:根据权利要求1所述的阿马多里酶,其中,在序列号1或3表示的氨基酸序列的与选自以下(i)~(xiv)中的氨基酸对应的位置具有1个或1个以上的氨基酸残基的替换,(i)262位的天冬酰胺、……以及(xiv)81位的谷氨酸。

  2.案情经过及分析

  审查员在一通和二通均指出:“涉及(i)~(xiv)修饰的发明之间共同特征是阿马多里酶,而对比文件1公开了一种阿马多里酶,所以‘阿马多里酶’不是特定技术特征,因而各个发明之间没有单一性。”

  本案例与第1个案例的不同之处在于,审查员不是指出作为修饰对象的基础序列之间不具有单一性,而是指出各个修饰之间没有单一性。面对这种意见,并不适合采用仅保护其中一组的方案,因为如果这样修改,则范围不合理地过窄,也脱离了本案的发明核心。鉴于这样的情形,笔者尝试上述第2案例的应答方式,修改后的权利要求1为“一种修饰阿马多里酶,与修饰前的阿马多里酶相比,添加离子性表面活性剂5分钟后的残留活性比具有序列号 1、3或37表示的氨基酸序列的阿马多里酶提高,残留活性以%表示,该修饰阿马多里酶具有(A)在序列号 1、3或37表示的氨基酸序列中缺失、插入、添加和/或替换1个或多个氨基酸而得的氨基酸序列,或具有(B)与序列号1、3 或37表示的氨基酸序列具有至少70% 同源性的氨基酸序列,其中,所述修饰阿马多里酶在选自以下(i)~(xiv)中的位置具有 1 个以上的氨基酸残基的替换,……其中,所述修饰阿马多里酶不包括具有序列号40的氨基酸序列的阿马多里酶”。如此修改并主张“具有总的发明构思”后,得到了审查员的认可。应予说明,对比文件1由于是具有本发明序列号40的酶,因而落入本发明原范围。

  由该案例可以发现,对修饰酶名称的明确、活性限定,以及排除对比文件1而具有创造性这几方面是能获得审查员认可的原因。笔者认为,加入功能性/效果性限定来克服单一性的前提自然是所概括的技术范围至少不存在新颖性问题,但有时候由于新创性问题而影响单一性问题只有随着案件的进一步深入审查才会被指出。这种情况下,笔者认为需要统筹考虑本发明的技术内容来一并克服新创问题和单一性问题。

  (四)针对单一性问题的总结

  通过上述案例可以发现,涉及序列的发明较容易指出单一性问题。通常,由于原权利要求的保护范围较大,或者特征较少,或者发明核心点不突出,所以在应答中仅主张“具有总的发明构思”, 有时很难获得认可。这种情况下,可以尝试加入功能性/效果性限定并配合“具有总的发明构思”这样的主张。另外,当单一性问题与新创性问题交织在一起时,我们需要在采用上述方式克服单一性的基础上兼顾解决新创性问题来进行统筹规划。

 

  三、关于支持

  (一)案例1

  1.权利要求

  权利要求 1 记载了:一种核苷酶,含有:序列号2的氨基酸序列或与该氨基酸序列88% 以上相同的氨基酸序列。

  2.案情经过及分析

  审查员在一通中指出:“采用‘同源性’等限定的氨基酸序列与序列号2存在一定差距,导致空间结构乃至活性都会发生变化,因而无法预期均具有与序列号2相同的理化性质和相应的活性。”涉及序列的生物发明很重要的一个特征就是活性的难以预知性,因而对于创造性的要求程度相对不高,但一物两面,对于支持性的主张相应地也变得困难了。像本案这样采用“同源性”或“同一性”等表述方式来要求保护具有同等活性但序列略微发生改变的氨基酸序列时,在审查实践中很难被认可,笔者代理的众多案件中,仅有一例情况在修改为“同源性为 99% 以上”后被复审委所认可。客观来讲,序列与活性之间既具有紧密的关联性, 但又不是一一对应那种严格的关系,所以略微变动(突变)的序列也具有与基准序列近似的活性是能够想象到的,符合本领域一般认识。考虑到申请人采用“同源性”等表述实质是想防止出现仅保护一种序列的情况,笔者尝试改变表达方式而期待类似于“同源性”的效果。

  在应答中,笔者将权利要求1修改为“一种核苷酶,由以下氨基酸序列构成:序列号2 的氨基酸序列,或由将序列号12和13作为引物并使用序列号19的探针且利用多色青霉IFO 7569株而得到的碱基序列所编码的氨基酸序列,或者由将序列号16和17作为引物且利用多色青霉IFO 7569株而得到的碱基序列所编码的氨基酸序列”。即,通过限定引物、来源菌株等间接限定的方式来体现序列的可变性。在这样的修改后,得到了审查员的认可。

  (二)案例2

  1.权利要求

  权利要求3记载了:根据权利要求1或2所述的重组专性厌氧革兰氏阳性菌,其中,对于抗TRAIL-R1单链抗体而言,CDR1含有由序列号22表示的氨基酸序列,CDR2含有由序列号23表示的氨基酸序列,和CDR3含有由序列号24表示的氨基酸序列。

  2.案情经过及分析

  审查员在一通中指出:“使用‘含有’对序列进行限定表明可以在序列 22~24 的两端还含有其他氨基酸序列。序列与活性相关,因而无法预期所涵盖的序列均具有预期的抗体活性。”

  在删除“含有”后,得到了审查员的认可。

  在审查实践中,由于“含有”的不确定性较上述“同源性”更强,所以基本上不被认可,修改方式通常是考虑将其删除。另外,对于抗体发明而言,本领域知晓序列中的关键部分是 CDR,虽然CDR的序列限定到唯一,但是 CDR 区域以外的序列还可以发生改变,因此最终抗体所涵盖的范围并不仅限于实施例,还可以发生不影响活性的改变,这样的范围相对比较合理。

  (三)案例3

  1.权利要求

  权利要求15记载了:一种食管基底细胞样鳞状细胞癌标志物,由分别含有序列号 141~145表示的碱基序列的5种基因的基因群构成。

  2.案情经过及分析

  审查员在一通中指出与上述案例2相似的意见,即“含有”表达出开放式限定方式,无法预期所涵盖的序列均具有相同功能。

  在应答中,加入“所述5种基因分别编码由序列号71~75表示的氨基酸序列构成的蛋白质”的限定后,得到了审查员的认可。

  本案涉及 DNA 序列,虽然存在“含有”的表述,但是由于能够间接限定该DNA所编码的蛋白质,因而相当于对开放式的范围进行了实质限定,因而可以得到认可。

  (四)针对支持问题的总结

  除了上述情况外,在《指南》的第二部分第十章列举了几种允许的方式。例如,对于具有某一特定功能,例如其编码的蛋白质具有酶A活性的基因,可采用术语“取代、缺失或添加”与功能相结合的方式进行限定。允许用该方式表示的条件是:

  (1)说明书例如实施例中例举了衍生的蛋白质;

  (2)说明书中记载了制备衍生的蛋白质以及证明其功能的技术手段。再例如,对于具有某一特定功能,例如其编码的蛋白质具有酶A活性的基因,可采用在严格条件下“杂交”,并与功能相结合的方式进行限定。允许用该方式表示的条件是:(1)说明书中详细描述了“严格条件”;(2)说明书如实施例中例举了杂交后的DNA分子。

  由上述可知,用“取代、缺失或添加”以及“杂交”的表达方式来体现原序列的衍生物时,需要具备前提条件,即实施例中有实际实施的充分证明。但是在实际申请中,申请人有时并未对序列的可能变化作进一步研究。即使进行了若干研究,审查员也通常会指出实施例的列举有限,而使权利要求的范围得不到支持。如果申请人希望采用审查指南列举的“取代、缺失或添加”“杂交”等方式, 则应在提出申请前就写入充分丰富的实施例,这与一般申请中的支持性问题类似。

  但如果申请时实施例有限而无法被审查员认可,则可以参考上述案例,依发明对象不同,灵活采用间接限定的方式(获得方法、所编码的蛋白质)来体现序列的可变性。

 

   四、结论

  为了克服单一性问题,首先可以围绕“具有总的发明构思”进行主张或修改,最终无法被认可的情况下才是择一保护。为了克服支持问题,可以围绕“合理的保护范围”而采用各种间接限定的方式。

  综上所述,笔者结合实际案例对涉及序列的发明中容易出现的单一性问题和支持问题进行了分析和探讨,希望能对该类案件的撰写和审查意见的应答提供一些参考经验。

  

  

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